但是这种规模的战争却远不是一个两个超级人类能够改变局势的，斩首行动屡屡受挫。因此神盾局提议研发更多的超级战士，却招致了亚伯拉罕·厄金斯的反对。好在最终苏联给了**致命一击，这才让大战形势逆转。
但是，在战争结束后，政坛和军方却一致认定苏联会是更强大的敌人，且可能在未来爆发的冷战需要更多的超级战士，于是督促佩吉·卡特研发更多更强大的超级战士。
但，就在这个节骨眼上，亚伯拉罕·厄金斯神秘地消失了。美国当局出动了堪称挖地三尺级别的资源去寻找，却一无所获，佩吉·卡特引咎辞职，神盾局被排除出权力核心转入地下。
然而，事情并没有那么简单。亚伯拉罕·厄金斯并不是消失，而是由佩吉·卡特处以极刑，原因是初代美国队长是她的情人却最终战死沙场。神盾局转入地下的同时，接手了对苏工作。
在苏联解体后漫长的时间里，神盾局也不可避免地发生了变化，也逐渐分化成了两股势力，激进派认为应该加大超级战士的研发投入，同时利用超级战士帮助美国控制世界，保守派则认为应该停止超级战士的研发，同时收容和控制超级战士，将他们限制起来最终一同消失在时间长河中。
这种冲突最终以那场纽约大战告终，激进派引爆了某个外星信标最终导致了美国历史上堪比二战级别的灾难，保守派却因为联络托尼·史塔克有功而走上台前，压制住了激进派。虽然最终托尼·史塔克因为军方矛盾而解散了战争机器隐居，但保守派的功劳却是不可磨灭的。
尼克·弗瑞也作为保守派的接班人在这时走到台前的，并且在之后接手了神盾局成为了新的局长。
但是，激进派被压制不代表消失。尼克·弗瑞这些年来一直在打压激进派，直到前不久他的手下娜塔莎破获了一封堪称古老的信息。
激进派的一部分人脱离了神盾局之后并没有真的消散在历史中，反而在军方的接洽下转入了更深的地下，并且也没有停止超级人类的研制工作。而前不久因为工作疏忽，从那个神秘的研究所内跑掉了一个男孩，激进派一直在寻找那个人。
尼克·弗瑞和娜塔莎估计那个男孩很可能藏在皇后区，这也是他们希望眼线更多的乌鸦帮接手皇后区的原因，同时希望他们能帮上忙。
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